<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.3 20210610//EN" "JATS-journalpublishing1-3.dtd">
<article article-type="research-article" dtd-version="1.3" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xml:lang="ru"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">phgenomics</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="ru">Фармакогенетика и фармакогеномика</journal-title><trans-title-group xml:lang="en"><trans-title>Pharmacogenetics and Pharmacogenomics</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn pub-type="ppub">2588-0527</issn><issn pub-type="epub">2686-8849</issn><publisher><publisher-name>LLC "Izdatelstvo OKI"</publisher-name></publisher></journal-meta><article-meta><article-id pub-id-type="doi">10.37489/2588-0527-2022-2-35-36</article-id><article-id custom-type="elpub" pub-id-type="custom">phgenomics-267</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="heading"><subject>Research Article</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="section-heading" xml:lang="ru"><subject>КЛИНИЧЕСКИЙ СЛУЧАЙ</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="section-heading" xml:lang="en"><subject>CASE STUDY</subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title>Применение расширенной NGS-панели для подбора персонализированной лекарственной терапии при метастатическом колоректальном раке: клинический случай</article-title><trans-title-group xml:lang="en"><trans-title></trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Ревкова</surname><given-names>М. А.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Москва</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Макарова</surname><given-names>М. В.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Москва</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Чекини</surname><given-names>Д. А.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Лапино, Московская область</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-2"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Немцова</surname><given-names>М. В.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Москва</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Черневский</surname><given-names>Д. К.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Москва</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Сагайдак</surname><given-names>О. В.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Москва</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Криницына</surname><given-names>А. А.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Москва</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Бeлeникин</surname><given-names>М. С.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Москва</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib></contrib-group><aff xml:lang="ru" id="aff-1"><institution>ООО «Эвоген»</institution><country>Russian Federation</country></aff><aff xml:lang="ru" id="aff-2"><institution>Онкоцентр «Лапино-2» «Мать и дитя»</institution><country>Russian Federation</country></aff><pub-date pub-type="collection"><year>2022</year></pub-date><pub-date pub-type="epub"><day>04</day><month>04</month><year>2023</year></pub-date><volume>0</volume><issue>2</issue><fpage>35</fpage><lpage>36</lpage><permissions><copyright-statement>Copyright &amp;#x00A9; Ревкова М.А., Макарова М.В., Чекини Д.А., Немцова М.В., Черневский Д.К., Сагайдак О.В., Криницына А.А., Бeлeникин М.С., 2023</copyright-statement><copyright-year>2023</copyright-year><copyright-holder xml:lang="ru">Ревкова М.А., Макарова М.В., Чекини Д.А., Немцова М.В., Черневский Д.К., Сагайдак О.В., Криницына А.А., Бeлeникин М.С.</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="en">Ревкова М.А., Макарова М.В., Чекини Д.А., Немцова М.В., Черневский Д.К., Сагайдак О.В., Криницына А.А., Бeлeникин М.С.</copyright-holder><license license-type="creative-commons-attribution" xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/" xlink:type="simple"><license-p>This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.</license-p></license></permissions><self-uri xlink:href="https://www.pharmacogenetics-pharmacogenomics.ru/jour/article/view/267">https://www.pharmacogenetics-pharmacogenomics.ru/jour/article/view/267</self-uri><abstract><p>.</p></abstract><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>полиморфизм генов</kwd><kwd>диагностическая панель</kwd><kwd>колоректальный рак</kwd><kwd>персонализированная терапия</kwd></kwd-group></article-meta></front><body><sec><title>Описание пациента</title><p>У мужчины 66 лет диагностировано злокачественное новообразование слепой кишки pT3pN2aM1, IV стадия; солитарный метастаз в печени, множественные метастазы в лёгких. Проведено хирургическое лечение: лапароскопическая правостороння гемиколэктомия с формированием илеотрансверзоанастомоза по типу «бок в бок». По результатам гистологического исследования: аденокарцинома слепой кишки низкой степени злокачественности; хирургические края негативные; в 5 из 16 обнаруженных и исследованных регионарных лимфатических узлов выявлены метастазы аденокарциномы. Апикальный лимфоузел не поражен.</p><p>Семейный анамнез отягощён в отношении онкологических заболеваний: рак лёгкого у отца, рак поджелудочной железы у матери. Вредные привычки отрицает. Не работает (пенсионер), профессиональные вредности в прошлом отрицает.</p></sec><sec><title>Тип вмешательства</title><p>Учитывая стадию заболевания и морфологический вариант опухоли, рекомендовано проведение 12 курсов противоопухолевой лекарственной терапии первой линии по схеме FOLFOX (кальция фолинат+5-фторурацил+оксалиплатин).</p><p>Для выбора таргетного препарата при лечении метастатического процесса рекомендовано проведение молекулярно-генетического исследования генов семейства RAS (KRAS и NRAS), гена BRAF, а также определение микросателлитной нестабильности опухоли (microsatellite instability, MSI) в опухолевом материале [1, 2].</p><p>Для определения MSI исследовано пять микросаттелитных маркеров (BAT-25, BAT-26, NR-21, NR-24 и NR-27) методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с использованием набора реагентов COrDIS MSI с последующим фрагментным анализом на Bio-Rad C1000 и ABI 3500. Аллельных вариаций исследуемых локусов не выявлено (&lt;2), что указывает на отсутствие признаков MSI.</p><p>Определение активирующих мутаций в 2, 3 и 4 экзонах генов KRAS (G12A, G12D, G12R, G12V, G13D, G12C, G12S, Q61H, Q61L, Q61R, A59E, A59G, A59T, K117N, K117R, K117E, A146T, A146P, A146V) и NRAS (G12D, G12C, G12S, G13R, G13V, K117R, Q61H, Q61L, Q61K, Q61R, A59D, A59T, A146T) проведено методом ПЦР с использованием набора Ras Mutation Analysis Kit (EntroGen Inc.) на PCR Bio-Rad CFX. Определение активирующих мутаций в 15 экзоне гена BRAF (V600E, V600Ecom, V600K, V600R) проведено методом ПЦР (PCR Bio-Rad CFX) с использованием набора cobas® 4800 BRAF V600 Mutation Test на cobas® 480 Z (ROCHE).</p><p>По результатам ПЦР-исследования, мутаций генов KRAS, NRAS и BRAF не выявлено.</p></sec><sec><title>Показания к персонализации</title><p>Учитывая результаты ранее проведённого ПЦР-исследования (мутаций генов KRAS, NRAS и BRAF не выявлено), отягощённый наследственный анамнез и желание пациента, проведено дополнительное исследование опухолевой ткани методом высокопроизводительного секвенирования (next-generation sequencing, NGS) с целью поиска других потенциально значимых генетических маркеров эффективности лекарственной терапии, а также NGS-исследование ДНК, выделенной из образца венозной крови, для поиска генетических вариантов, ассоциированных с наследственными формами злокачественных новообразований.</p></sec><sec><title>Тип персонализации</title><p>Проведена расширенная NGS-панель EVOGEN-ОНКОТАРГЕТ (на основе SentisТМ Cancer+Discovery Panel), включающая исследование 688 генов в опухолевой ткани и 69 генов, ассоциированных с наследственными онкологическими заболеваниями. Средняя глубина секвенирования ДНК образца крови — 747х, ДНК образца опухолевой ткани — 3430х (размер вставки 172 нт, Q30 &gt;89 %, охват 99,56 %).</p><p>По результатам секвенирования выявлено 28 соматических вариантов нуклеотидной последовательности, из них 15 клинически значимых, в том числе 2 наиболее важных для определения персонализированной терапии колоректального рака варианта — G12V (c.35G&gt;T) гена NRAS и A59T (c.175G&gt;A) гена KRAS. Клинически значимых герминальных вариантов (наследственных опухолевых синдромов) не выявлено. Проведена оценка MSI, результат — стабильность микросателлитных участков генома (microsatellite stabilization, MSS).</p><p>Таким образом, вариант гена KRAS A59T не определён методом ПЦР, но выявлен с помощью дополнительного NGS-исследования, проведённого с большой глубиной прочтения. Вариант гена NRASG12V не входил в состав ранее проведённой ПЦР-панели и выявлен с помощью дополнительно проведённого NGS-исследования.</p></sec><sec><title>Изменения после персонализации</title><p>Наличие мутантных аллелей гена KRAS является маркером резистентности к терапии ингибиторами рецептора эпидермального фактора роста (Epidermal growth factor receptor inhibitors, EGFR inhibitors, ингибиторы EGFR), поэтому панитумумаб и цетуксимаб рекомендованы для лечения пациентов с метастатическим колоректальным раком только при отсутствии в опухоли мутаций гена KRAS. В свою очередь, при наличии мутации семейства RAS рекомендовано добавление бевацизумаба к проводимой противоопухолевой лекарственной терапии [<xref ref-type="bibr" rid="cit1">1</xref>].</p><p>Выявленные в опухоли пациента методом NGS генетические варианты NRASG12V и KRASA59T являются противопоказанием к назначению ингибиторов EGFR. Пациенту назначен бевацизумаб.</p></sec><sec><title>Заключение</title><p>Проведение расширенного молекулярно-генетического исследования методом NGS позволяет выявить маркеры резистентности к ингибиторам EGFR (цетуксимаб или панитумумаб) и дополнить проводимую противоопухолевую лекарственную терапию потенциально наиболее эффективным таргетным препаратом (бевацизумаб).</p><p>Таким образом, в рамках конкретного клинического случая получены дополнительные данные в пользу целесообразности включения бевацизумаба в схему противоопухолевой лекарственной терапии метастатического колоректального рака и отказа от применения ингибиторов EGFR.</p></sec></body><back><ref-list><title>References</title><ref id="cit1"><label>1</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Клинические рекомендации. Злокачественное новообразование ободочной кишки, 2022 г. https://cr.minzdrav.gov.ru/schema/396_3 [Электронный ресурс], дата обращения: 20.12.2022.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Klinicheskie rekomendacii. Zlokachestvennoe novoobrazovanie obodochnoj kishki, 2022 g. (In Russ).]. https://cr.minzdrav.gov.ru/schema/396_3</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit2"><label>2</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Национальная Программа RUSSCO «Совершенствование молекулярно-генетической диагностики в Российской Федерации с целью повышения эффективности противоопухолевого лечения». Мутации генов семейства RAS. http://cancergenome.ru/mutations/RAS/ [Электронный ресурс], дата обращения: 20.12.2022.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Nacional’naya Programma RUSSCO «Sovershenstvovanie molekulyarno-geneticheskoj diagnostiki v Rossijskoj Federacii s cel’yu povysheniya effektivnosti protivoopuholevogo lecheniya». Mutacii genov semejstva RAS. http://cancergenome.ru/mutations/RAS/</mixed-citation></citation-alternatives></ref></ref-list><fn-group><fn fn-type="conflict"><p>The authors declare that there are no conflicts of interest present.</p></fn></fn-group></back></article>
