phgenomicsФармакогенетика и фармакогеномика2686-88492588-0527LLC "Izdatelstvo OKI"10.24411/2588-0527-2019-10048Research ArticleФАРМАКОГЕНЕТИЧЕСКИЕ ИССЛЕДОВАНИЯPHARMACOGENETICS STUDYЭкспрессия генов лейкотриеновых рецепторов LTB4R и LTB4R2 как прогностические и предиктивные маркеры рака молочной железыКалинкинА. И.noemail@neicon.ruНемцоваМ. В.noemail@neicon.ruКузнецоваЕ. Б.noemail@neicon.ruСигинВ. О.noemail@neicon.ruИгнатоваЕ. О.noemail@neicon.ruКекееваТ. В.noemail@neicon.ruПоддубскаяЕ. В.noemail@neicon.ruЗалетаевД. В.noemail@neicon.ruСтрельниковВ. В.noemail@neicon.ruТанасА. С.noemail@neicon.ruФГБНУ«Медико-Генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова»ФГБНУ«Медико-Генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова»; ФГАОУ ВО Первый МГМУ им. И.М. Сеченова (Сеченовский Университет)ФГБНУ«Медико-Генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова»; ФГАОУ ВО Первый МГМУ им. И.М. Сеченова (Сеченовский Университет)ФГБНУ«Медико-Генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова»ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава РоссииФГБНУ«Медико-Генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова»ФГАОУ ВО Первый МГМУ им. И.М. Сеченова (Сеченовский Университет)ФГБНУ«Медико-Генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова»; ФГАОУ ВО Первый МГМУ им. И.М. Сеченова (Сеченовский Университет)ФГБНУ«Медико-Генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова»ФГБНУ«Медико-Генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова»20190216Copyright © LLC "Izdatelstvo OKI", 20192019This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.LTB4Rген LTB4R2лейкотриеновых рецепторырак молочной железыВведение
Сигналинг лейкотриеновых рецепторов участвует в прогрессировании различных видов опухолей, в том числе при раке молочной железы (РМЖ). Экспрессия лейкотриеновых рецепторов LTB4R и LTB4R2 вовлечена в пролиферацию, выживание, миграцию и метастазирование раковых клеток [1]. Повышенная экспрессия LTB4R блокирует анти-пролиферативный сигналинг TGF-β1 в клеточных линиях РМЖ [2]. Эктопическая экспрессия LTB4R2 ассоциирована с повышенной инвазивностью клеток РМЖ [3]. Использование метода широкогеномного бисульфитного секвенирования ДНК позволило нам выявить аномальное деметилирование CpG-островка генов LTB4R и LTB4R2 в группе операционных образцов РМЖ [4]. Аномальное деметилирование этого CpG-островка подтвердили методом бисульфитного секвенирования по Сэнгеру [5].
Цель
Целью данной работы является изучение прогностического потенциала статуса экспрессии генов LTB4R/LTB4R2.
Материалы и методы
Экспрессионные данные RNA-seq c платформы Illumina HiSeq и клинические характеристики, включающие в себя время последнего обследования, время смерти и статус были получены с портала TCGA (The Cancer Genome Atlas) для 1083 образцов опухолевой ткани рака молочной железы различных молекулярных подтипов. Уровень экспрессии генов LTB4R/LTB4R2 был категоризован в высокий и низкий уровень с помощью метода maximally selected rank statistics. Различия между кривыми выживаемости Каплана–Мейера оценивали с помощью критерия Мантеля–Кокса. Загрузка данных и статистические вычисления проводились с помощью языка программирования R.
Результаты
Показано, что аномальное деметилирование LTB4R и LTB4R2 ассоциировано с эктопической экспрессией данных генов в образцах трижды-негативного РМЖ. Общая выживаемость была значимо снижена в группе ТН РМЖ с высокой экспрессией LTB4R, а также в группе нормально-подобных опухолей РМЖ с низкой экспрессией LTB4R и в группе LumB РМЖ с низкой экспрессией LTB4R2.
Заключение
Различные уровни экспрессии LTB4R/LTB4R2 позволяют использовать их как прогностический маркер для РМЖ, однако прогноз напрямую зависит также от молекулярного подтипа РМЖ. Возможно, уровень
экспрессии и метилирования генов LTB4R/LTB4R2 можно также использовать как предиктивный маркер чувствительности опухоли к ингибиторам лейкотриеновых рецепторов, что требует подтверждения клиническими испытаниями.
Финансирование
Работа выполнена при финансовой поддержке РНФ, проект № 18-15-00430
Литература
ReferencesThe authors declare that there are no conflicts of interest present.